Tiền thân của Công ty cổ phần Vận tải và Thuê tàu biển Việt Nam là Công ty Vận tải biển miền Nam Việt Nam (SOVOSCO), thành lập ngày 25 tháng 6 năm 1975. Vào những ngày đầu sau giải phóng miền Nam thống nhất đất nước, SOVOSCO đã tiếp quản thành công các cơ sở hàng hải với đội tàu nhỏ, cũ nát, hư hỏng nặng của chế độ cũ để lại và nhanh chóng sửa chữa để đưa vào khai thác, phục vụ kịp thời việc vận chuyển hàng hóa, góp phần khôi phục kinh tế sau chiến tranh bị tàn phá.

        Ngày 14/3/1984, Công ty Vận tải và Thuê tàu biển “Transchart” hợp nhất vào Công ty Vận tải biển SOVOSCO thành Công ty Vận tải và Thuê tàu biển Việt Nam (Vitranschart), trực thuộc Tổng Cục Đường biển Việt Nam. Thời điểm này, Công ty được bổ sung 9 chiếc tàu từ đội tàu “Cờ xanh”, đánh dấu quy mô phát triển mới của Công ty sau 9 năm hoạt động, đây cũng là đòi hỏi khách quan của ngành và đất nước trong thời kỳ đổi mới. Từ chỗ kinh doanh theo phương thức tự quản, vận tải ven biển nội địa, đội tàu Vitranschart đã vươn ra cập bến ở các cảng trong khu vực và hầu hết các cảng trên thế giới, phát triển thêm nhiều tuyến vận tải viễn dương.

       Ngày 11/3/1993, Bộ Giao thông Vận tải ký quyết định thành lập doanh nghiệp Nhà nước: Công ty Vận tải và thuê tàu biển Việt Nam, trực thuộc Cục Hàng hải Việt Nam, chuyên kinh doanh vận tải biển, dịch vụ, đại lý và môi giới hàng hải. Xác định Công ty là một doanh nghiệp Nhà nước, được giao vốn và các nguồn lực khác, phục vụ cho công cuộc xây dựng và phát triển kinh tế của ngành hàng hải Việt Nam trong giai đoạn mới của đất nước. Năm 1995, Chính phủ thành lập Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam và Công ty là một trong những đơn vị thành viên đầu tiên trực thuộc Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam.

       Thực hiện chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước, kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2008, Công ty đã chuyển sang hoạt động theo mô hình công ty cổ phần, với vốn Nhà nước tại Công ty là 60%. Sau gần 15 năm hoạt động, đến nay vốn Nhà nước tại Công ty còn 44,61 %.